医药工程系是我院重点建设的专业系部，是学院整合制药工程专业群与护理专业等相关资源组建而成。现拥有药品生产技术、药品经营与管理、口腔医学技术、护理、医学检验技术、康复治疗技术、健康管理及中药学专业。
目前医药系有药学教研室、医护教研室。目前已经建立了一支数量足够，结构合理，专兼结合，具有现代高职教育理念，有较高教学水平和较强实践能力的教师队伍，其中，硕士研究生所占比例为61%，高级以上职称约为10%,中级以上职称约为31%。
系部主要通过实行“学练结合”的教育方式，在传授理论知识的同时，配合进行实践性锻炼，让学生更形象的掌握所学知识。系部与多家企事业单位签订了实习实践协议，并建有院级重点实训室“药学实训室”和“基础护理实训室”，并新建有“医学检验实验室”、“康复治疗实训室”、“中药学实训室”、“口腔医学技术实训室”、“助产实训室”及“针灸推拿实训室”，均配备先进的实验仪器设备，满足日常教学需要，为学生实践能力的培养提供了物质条件。
医药工程系为京、津、冀等区域经济发展，培养从事护理、口腔技术、医学检验、康复治疗技术、药品生产服务管理等工作的高素质高水平技能型人才。医药工程系为各级各类医院以及医疗机构、大中型药品生产经营企业（石家庄制药集团、华北制药集团、以岭药业、国药乐仁堂、石家庄新兴药房连锁股份有限公司）等输送了大量的优秀人才，通过双选会、专场招聘等形式，历年的就业率均达到100%。
系部开设专业
护理 | 基础护理技术、内科护理学、外科护理学、儿科护理学、妇产科护理学、正常人体结构、生理学、病理学、护理心理学、护用药理学、健康评估等。 |
药品经营与管理 | 药理学、医疗器械概论、药品市场营销、商务谈判与推销、药事管理与法、药剂知识与技术、无机及分析化学、药物分析检测技术、实用中药学等。 |
药品生产技术 | 无机及分析化学、有机化学、生物化学、药物化学、药物检验技术、药物分离与纯化技术、工业药剂学、仪器分析、生物制品技术、药事管理与法规等。 |
口腔医学技术专业 | 口腔组织病理学、口腔内科学、口腔颌面外科学、可摘局部义齿工艺技术、全口义齿工艺技术、口腔固定修复工艺、口腔疾病概要等。 |
健康管理 | 正常人体结构、健康评估、基础护理技术、急危重症护理学、内科护理学、外科护理学、老年护理学、儿科护理学、妇产科护理学、护理心理学、中医护理学等。 |
康复治疗技术 | 作业治疗技术、言语治疗学、临床康复学、人体运动学、物理治疗学、运动治疗技术、康复评定技术等。 |
医学检验技术 | 临床生物化学检验技术、临床检验学基础、临床免疫学检验技术、临床微生物学检验、临床分子生物学检验技术、临床输血学检验技术、医学检验仪器管理、临床实验室管理学等。 |
中药学 | 实用中药学、中药炮制技术、中药鉴定技术、中药制剂技术、药事管理与法规、药用植物栽培技术、中药化学、方剂与中成药、中药调剂学等。 |